Ministerstvo financí vyvrací účelově zkreslenou interpretaci, že hlavním problémem čerpání prostředků z fondů Evropské unie je systém auditů Ministerstva financí. Za problémy konkrétního operačního programu je totiž vždy primárně zodpovědný jeho řídící orgán.
Auditní systém ČR, který předložilo Ministerstvo financí, v minulosti odsouhlasila Evropská komise v rámci svého schvalování operačních programů. Stejně tak schválila popisy řídících a kontrolních systémů a všechny auditní strategie.
Evropská komise nemá největší výhrady vůči práci Ministerstva financí, ale hlavní nedostatky spatřuje v nastavení vztahů a procesů na úrovni konkrétních operačních programů, včetně kontrol prováděných v kompetenci řídících…